Flemming Nielsen har bred erfaring specielt inden for områderne ledelse, arbejdsmiljø og trivsel. Han har været ansat hos Arbejdstilsynet og det der tidligere hed Bedriftssundhedstjenesten (BST). Ud over det har han næsten 10 års erfaring som leder og chef inden for det kommunale plejeområde. Fra 2010 til 2013 har han undervist på Social- og Sundhedsskolen Syd i Aabenraa. Her har han både undervist social- og sundhedshjælperelever og social- og sundhedsassistentelever, blandt andet i specialefaget ledelse. Fra 2013 har Flemming været ansat som leder af sundheds- og forebyggelsesområdet i Sønderborg Kommune.