Carl Henrik Koch har skrevet om dansk filosofi og udsendt en lang række monografier om kendte filosoffer og naturforskere som fx Kierkegaard, Descartes, Niels Stensen, Newton, Spinoza og Pascal og har senest udgivet en bog om Leonardo da Vinci (2019) og været medudgiver og kommentator af H.C. Ørsteds Aanden i Naturen (2020). I 2023 udkom hans Den danske filosofis historie fra reformationen til den moderne verden.
