Jan Faye har et omfangsrigt fagfilosofisk forfatterskab bag sig, der dækker videnskabsfilosofi, metafysik, erkendelsesteori og bevidsthedsfilosofi, senest How Matter Becomes Conscious (Palgrave Macmillan, 2019). Derudover har han redigeret adskillige videnskabelige antologier.
