Maria er teenager i Frederikshavn i 1990. Hun elsker The Cure, er træt af sine forældre og drømmer om at der skal ske noget stort, som forandrer alt. En dag beder hun Gud om at gøre hende gravid og får sit ønske opfyldt. Hun har noget stort i maven, da hun går ombord på en færge og forelsker sig stormende i skibsdrengen Miguel.
Samtidig, nogle århundreder tidligere i København, stævner medicineren Oluf Bartholin ud med sit skib. Han har allerede fejret en stor videnskabelig triumf, og nu begiver han sig ud på en dristig opdagelsesrejse, overbevist om at det sunkne Atlantis befinder sig i Det Sydfynske Øhav. Men hvad mon han finder på bunden af havet? Noget stort?
Maria, Atlantis er tredje selvstændige del af Asta Olivia Nordenhofs romanføljeton, der har mordbranden på Scandinavian Star som et gennemgående motiv. En litterær romantasy om kærlighed og kapitalisme, krig og fred og jagten på nye verdener.